国家卫生计生委10月12日通报，2016年9月，全国（不含港澳台）共报告法定报告传染病536494例，死亡1512人。

通报称，甲类传染病中，霍乱报告发病6例，无死亡。乙类传染病中传染性非典型肺炎、脊髓灰质炎、人感染高致病性禽流感和白喉，无发病、死亡报告；其余22种传染病共报告发病282206例，死亡1500人。报告发病数居前5位的病种依次为病毒性肝炎、肺结核、梅毒、细菌性和阿米巴性痢疾以及淋病，占乙类传染病报告病例总数的94%。

此外，丙类传染病中，丝虫病无发病、死亡报告，其余10种传染病共报告发病254282例，死亡12人。报告发病数居前3位的病种依次为手足口病、其他感染性腹泻病和流行性腮腺炎，占丙类传染病报告病例总数的94%。